Covid-19 : un extrait d’algues serait plus efficace que le remdesivir pour bloquer le coronavirus in vitro

La recherche et le développement de médicaments et de vaccins efficaces contre le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 sont des challenges scientifiques majeurs en ce moment, laboratoires universitaires et entreprises pharmaceutiques travaillant d’arrache-pied pour élaborer et finaliser leurs molécules expérimentales ou leurs produits. Récemment, des chercheurs ayant effectué un test d’efficacité antivirale in vitro contre le SARS-CoV-2, ont montré qu’un extrait d’algues comestibles a largement surpassé le remdesivir, un antiviral standard actuellement utilisé pour lutter contre le Covid-19.

Publiée la semaine dernière dans la revue Cell Discovery, l’étude est le dernier exemple en date d’une stratégie de « leurre » que les chercheurs du Centre de biotechnologie et d’études interdisciplinaires (CBIS) de l’Institut polytechnique de Rensselear (États-Unis) développent contre des virus comme le SARS-CoV-2, responsable de la crise sanitaire mondiale actuelle.

Il est connu que la protéine de pointe à la surface du SARS-CoV-2 se verrouille sur le récepteur ACE-2, une molécule présente à la surface des cellules humaines. Une fois verrouillé, le virus insère son propre matériel génétique dans la cellule, détournant la machinerie cellulaire pour produire des répliques de lui-même. Mais le virus pourrait tout aussi facilement être persuadé de se verrouiller sur une molécule leurre offrant un ajustement similaire. Il serait ainsi piégé et finirait par se dégrader naturellement. Des recherches antérieures ont montré que cette technique de leurre fonctionne pour piéger d’autres virus, dont la dengue, le Zika et la grippe A.

« Nous apprenons à bloquer l’infection virale, et c’est de ces connaissances que nous aurons besoin si nous voulons affronter rapidement les pandémies », a déclaré Jonathan Dordick, chercheur principal et professeur de génie chimique et biologique à l’Institut polytechnique Rensselaer. « La réalité est que nous n’avons pas de bons antiviraux. Pour nous protéger contre de futures pandémies, nous allons avoir besoin d’un arsenal d’approches que nous pouvons rapidement adapter aux virus émergents ».

Covid-19 & extrait algues

Des chercheurs ont montré qu’un extrait d’algues comestibles a largement surpassé le remdesivir, un antiviral standard actuellement utilisé pour lutter contre le Covid-19.

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Covid-19 : les Etats-Unis passent le cap des 4 millions de cas, l’Europe des trois millions

Seuil des 4 millions de cas de Covid-19 franchi aux Etats-Unis, cap des 3 millions dépassé en Europe, la progression de l’épidémie de coronavirus inquiète aussi en Asie et Australie, et contraint de nombreux pays à durcir les mesures sanitaires.

Au total, 627.307 personnes sont mortes du Covid-19 dans le monde, pour plus de 15 millions d’infections, selon un bilan établi jeudi par l’AFP. C’est sur le continent américain que la situation reste la plus préoccupante. Un peu plus de deux semaines après avoir franchi le cap des 3 millions d’infections, les Etats-Unis ont dépassé jeudi celui des 4 millions de cas officiels, selon l’université Johns Hopkins, qui fait référence.

Longtemps accusé de déni face à la pandémie, le président américain Donald Trump a récemment admis une « hausse inquiétante des cas » dans le sud du pays, de loin le plus endeuillé au monde en valeur absolue avec plus de 143.000 décès. Il s’est résolu à annoncer jeudi l’annulation de la convention républicaine qui était prévue en Floride fin août pour officiellement l’introniser comme candidat du parti à la présidentielle de novembre. La Floride, qui a enregistré un record de décès en 24h jeudi (173 morts), est l’un des Etats où l’épidémie progresse le plus ces dernières semaines. La flambée des contaminations a fait grimper le chômage pour la première fois dans le pays depuis fin mars.

Le seuil des quatre millions de cas a également été franchi en Amérique latine et aux Caraïbes où, à lui seul, le Brésil compte désormais plus de 2,2 millions de cas. En raison de la propagation de l’épidémie, la Bolivie a annoncé le report au 18 octobre des élections générales prévues le 6 septembre.

Tests Covid-19 Maiami Beach 22/07/2020

Des voitures font la queue à un centre de tests au Covid-19 à Miami Beach, en Floride le 22 juillet 2020 (Source : AFP).

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Covid-19 : un vaccin britannique sur la voie du succès

Plus d’une centaine de vaccins sont aujourd’hui en cours de développement pour lutter contre le SARS-CoV-2. Parmi ces nombreuses tentatives, l’une semble particulièrement prometteuse : le vaccin baptisé ChAdOx1 nCoV-19, développé par des chercheurs de l’Université d’Oxford. Celui-ci est basé sur un adénovirus de chimpanzé, auquel ont été ajoutés des gènes codant pour les protéines de pointe, caractéristiques du nouveau coronavirus.

Après une première phase de tests sur des singes, l’équipe a réalisé ses premiers essais cliniques sur l’Homme au mois d’avril. Les premiers résultats viennent d’être publiés dans The Lancet : la réponse immunitaire semble efficace et les scientifiques n’ont relevé aucun effet secondaire néfaste. Ce vaccin pourrait bientôt devenir la solution que tout le monde attend…

À la base, il s’agit d’une version affaiblie d’un virus du rhume, un adénovirus, provoquant des infections chez les chimpanzés. Il a été modifié génétiquement de façon à ce qu’il soit incapable de se répliquer et se développer chez l’Homme. Ses concepteurs lui ont également ajouté des gènes codant pour la protéine de pointe. Le but ? Entraîner le système immunitaire à reconnaître ce site caractéristique, afin qu’il détruise rapidement les particules de coronavirus si elles pénètrent dans l’organisme.

Les essais de phase 1, initiés en avril, puis de phase 2, sont toujours en cours. La première phase consistait à vacciner plus de 500 volontaires, âgés de 18 à 55 ans ; la moitié de l’échantillon a reçu un vaccin témoin, un vaccin homologué contre la méningite à méningocoques, servant de contrôle (les deux sont susceptibles de provoquer des effets secondaires similaires). Entre le 23 avril et le 21 mai, l’essai a regroupé au total 1077 participants, âgés de 18 à 55 ans, répartis dans cinq hôpitaux britanniques, sans antécédents de Covid-19. Lors de la deuxième phase, selon leur roadmap, les chercheurs visent à étendre la tranche d’âge des participants, de 55 à 70 ans, puis au-delà.

Vaccin candidat Covid-19 Oxford

Le vaccin baptisé ChAdOx1 nCoV-19, développé par des chercheurs de l’Université d’Oxford, semble prometteur.

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Voici comment les scientifiques savent que le SARS-CoV-2 n’a pas été conçu en laboratoire

Parmi les nombreuses fakenews qui parasitent les réseaux depuis le début de la pandémie, l’une concerne le fait que l’apparition du nouveau coronavirus ne serait pas le fruit du hasard… En effet, certains adeptes de théories du complot clament haut et fort que ce virus aurait été fabriqué dans un laboratoire. Pourtant, la grande majorité des scientifiques s’accordent à dire aujourd’hui qu’il a été transmis à l’Homme via une espèce animale (voire deux espèces). La preuve ? Elle se trouve dans le génome du virus…

Un article publié en 2017 dans la revue Emerging Infectious Diseases rapporte que près de 60% des maladies infectieuses connues et 75% des maladies émergentes sont d’origine animale. Le virus Ebola, le virus de la rage, certaines souches de grippe A, le virus Nipah, sont par exemple tous issus de la chauve-souris. Le SARS-CoV-2 est le plus récent des sept coronavirus identifiés chez l’Homme ; les six premiers provenaient tous d’animaux (chauve-souris, souris ou animaux domestiques).

Il est particulièrement difficile toutefois d’identifier précisément le groupe de chauves-souris à l’origine du nouveau coronavirus : cet ordre de mammifères regroupe près de 1400 espèces différentes (soit quasiment un quart de toutes les espèces de mammifères connues !). En outre, leur répartition géographique est très étendue. Mais si l’espèce coupable n’a pas encore été identifiée, cette origine animale ne fait aucun doute pour la communauté scientifique.

Pour commencer, le génome du SARS-CoV-2, qui a été très rapidement séquencé, a été partagé publiquement et étudié par des scientifiques du monde entier. Or, si le virus avait été manipulé en laboratoire, ces données auraient conservé des traces d’une intervention humaine : notamment la présence d’une séquence virale connue en tant que « squelette », ou des éléments clairement insérés ou supprimés par exemple. Mais aucune trace de ce type n’a été relevée et il est peu probable que les techniques actuelles de modification génétique ne laissent aucune empreinte…

Origine Covid-19 animaux

La grande majorité des scientifiques s’accordent à dire aujourd’hui qu’il a été transmis à l’Homme via une espèce animale.

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Un chromosome humain entièrement séquencé pour la première fois

Dix-sept ans après l’achèvement du Human Genome Project, il reste toujours des trous dans le séquençage du génome humain. Une équipe du Genomics Institute annonce avoir comblé toutes les lacunes dans le chromosome X grâce à une nouvelle technique de séquençage par nanopores. Une avancée qui, outre son intérêt scientifique, pourrait permettre de mieux comprendre certaines maladies génétiques.

En 2003, le séquençage complet du génome humain a été annoncé. Si cette cartographie couvre 99 % des trois milliards de bases ADN du génome, il reste de nombreux trous et séquences manquantes sur les différents chromosomes. Car le génome n’a pas été séquencé en une seule fois : c’est une sorte de gigantesque puzzle reconstruit à partir de séquences d’ADN mises bout à bout, ce qui entraîne des discontinuités et des répétitions. Certaines zones contiennent ainsi de nombreuses séquences redondantes, ce qui rend particulièrement difficile la reconstruction. Imaginez un puzzle avec un grand ciel bleu où l’on n’aurait aucun indice sur la forme et l’emplacement des pièces qui le composent. Et plus les séquences sont petites, plus le casse-tête est compliqué. Ces répétitions sont particulièrement abondantes dans la zone centrale du chromosome, là où les télomères se croisent, car l’ADN y est très enchevêtré.

Une équipe du Genomics Institute de l’université de Californie à Santa Cruz a semble-t-il réussi à surmonter ces obstacles et vient d’annoncer le séquençage complet d’un chromosome, à savoir le chromosome sexuel X. Les chercheurs, dont les résultats sont publiés dans la revue Nature, ont pour cela eu recours au séquenceur MinION fabriqué par Oxford Nanopore Technologies qui utilise le séquençage par nanopores. Cette technique consiste à appliquer un courant électrique à une membrane perforée de milliers de trous d’environ un nanomètre de diamètre. En traversant ces nanopores, les bases azotées de l’ADN produisent chacune une variation différente du courant, ce qui permet de les identifier. Il est ainsi possible de retranscrire des séquences bien plus longues mesurant des centaines de milliers de paires de bases. « Nous pouvons ainsi couvrir entièrement des régions répétitives jusqu’ici considérées comme insolubles », atteste Karen Miga, l’auteure principale de l’étude.

Chromosome

Le chromosome X a été entièrement séquencé.

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Covid-19 : une piste pour repérer quels patients risquent d’avoir une forme grave

Une étude française avance que le déficit dans le sang d’une protéine, les interférons de type 1, pourrait être un signe de formes graves de Covid-19.

Une étude de chercheurs français montre que le déficit dans le sang d’une protéine normalement produite par le système immunitaire « pourrait être la marque des formes graves de Covid-19 », un résultat qui pourrait aider à repérer les patients à risque. « Le déficit en interférons de type 1 dans le sang pourrait être une signature des formes sévères de Covid-19 », conclut cette étude parue cette semaine dans la revue américaine Science.

Les interférons sont des protéines de la famille des cytokines produites notamment par les cellules du système immunitaire en réponse à la présence d’une infection. Environ 5% des personnes atteintes de Covid-19 évoluent vers une forme grave ou critique, avec une pneumonie sévère se transformant en syndrome de détresse respiratoire aiguë, survenant souvent 9 à 12 jours après l’apparition de premiers symptômes légers à modérés.

Covid-19 cas graves & protéine sang

Une étude de chercheurs français montre que le déficit dans le sang d’une protéine normalement produite par le système immunitaire « pourrait être la marque des formes graves de Covid-19 » (Source : AFP).

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Covid-19 : un nouvel anticorps issu de sang de patients guéris cible une partie inattendue du virus

Une équipe chinoise a identifié un anticorps au fort pouvoir neutralisant contre le Covid-19 dans le sang de dix patients guéris. Mais surprise, il ne se fixe pas sur la zone habituellement ciblée par les anticorps connus.

Notre corps produit ses propres médicaments : les anticorps. Produits par certaines de nos cellules immunitaires à la suite d’une infection, ils se tiennent prêts à agir vite en cas de nouvelle intrusion du même virus ou bactérie. En analysant le sang de convalescents du Covid-19, des chercheurs chinois ont isolé un anticorps fortement neutralisant. Appelé 4A8, il se lie à une partie inattendue du virus et fait l’objet d’une publication dans Science.

C’est le principe des vaccins. En nous injectant une version inoffensive d’un micro-organisme, notre corps obtient une victoire facile et lance la production de son armée d’anticorps. Ces derniers se fixent de façon hautement spécifique sur des molécules caractéristiques de l’envahisseur, qu’on appelle « épitopes ». Dans le cas du virus SARS-CoV-2 responsable du Covid-19, l’épitope le plus commun chez les anticorps isolés du sang des personnes guérie est la zone précise du virus entrant en contact avec la cellule à infecter. Ce fragment du virus, situé sur la protéine virale S ou Spike, est responsable de l’interaction avec le récepteur ACE2. Présente à la surface de nos cellules, cette protéine ACE2 permet ainsi l’infection.

Covid-19 anticorps

Illustration d’anticorps (en forme de Y) ciblant le virus SARS-CoV-2 du Covid-19 (Source : Science Photo Library/AFP).

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EPO : un nouveau traitement potentiel contre l’infection à coronavirus SARS-CoV-2 ?

L’érythropoïétine (EPO), une hormone naturelle, est un facteur de croissance entraînant l’augmentation du nombre de globules rouges. En pharmacologie, elle est donc couramment utilisée pour traiter l’anémie. Cependant, des médecins ont récemment remarqué une potentielle efficacité de l’EPO contre l’infection à coronavirus SARS-CoV-2. Bien que des tests et essais cliniques soient nécessaires pour statuer sur cette efficacité, l’amélioration de l’apport en oxygène par l’EPO et sont effet protecteur sur de nombreux tissus pourraient contribuer à diminuer les symptômes de l’infection.

Selon des chercheurs de l’Institut Max Planck de médecine expérimentale de Göttingen, l’agent dopant EPO pourrait également être efficace contre le Covid-19. Le facteur de croissance pourrait atténuer la progression grave de la maladie et protéger les patients contre les effets neurologiques à long terme lorsque le virus SRAS-CoV-2 attaque le cerveau. Les premières études de cas indiquent un effet positif de l’EPO.

Les chercheurs envisagent actuellement un essai clinique randomisé pour étudier systématiquement les effets du traitement chez les patients infectés. Fin mars, un patient présentant des symptômes sévères de Covid-19 a été admis dans un hôpital iranien. Parce que le patient avait également de mauvaises valeurs sanguines, les médecins ont prescrit le facteur de croissance hématopoïétique. Sept jours après le début du traitement, le patient a pu quitter l’hôpital.

Une autre indication du rôle protecteur de l’EPO dans le cas de Covid-19 vient d’Amérique du Sud, où les maladies graves sont plus rares dans les régions plus hautes que dans les basses terres. Cela peut être dû au fait que les personnes vivant à des altitudes plus élevées forment plus d’EPO et sont mieux adaptées à la carence en oxygène car elles ont plus de globules rouges.

Morphologie Covid-19

Image obtenue le 3 février 2020 auprès des CDC et montrant la morphologie du nouveau coronavirus COVID-19 (Source : Centers for Disease Control and Prevention/AFP).

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Covid-19 : flambée de cas aux Etats-Unis et en Inde

Alors que le Louvre rouvre ses portes à Paris, plusieurs pays font face à un embrasement du nombre de contaminations.

Le Louvre a rouvert ses portes le 6 juillet 2020 à Paris après des mois de fermeture liée à la pandémie de coronavirus, qui ne connaît pas de trêve aux Etats-Unis et en Inde, où le nombre de cas de contamination connaît une flambée.

Le musée le plus grand et le plus visité au monde, qui renferme des trésors comme la Joconde ou la Vénus de Milo, est accessible sur réservation pour éviter les foules d’avant la pandémie, avec des créneaux de visites de 500 personnes toutes les demi-heures. « Ça m’a énormément manqué. Je viens habituellement deux fois par mois », confie Julia Campbell, retraitée française d’origine écossaise. Le dispositif a été longuement étudié pour éviter tout incident sanitaire et les équipes logistiques se montrent confiantes car les lieux sont très spacieux. Aux Etats-Unis, l’heure est en revanche à l’inquiétude.

Les Américains enregistrent depuis plus d’une semaine des nombres d’infections record (40.000 en 24 heures durant le week-end). « Nous avons rouvert beaucoup trop tôt en Arizona », a déploré la maire de la ville de Phoenix Kate Gallego, plaidant pour un reconfinement. Le président Donald Trump continue pourtant d’affirmer que la crise est « sur le point » de s’achever, s’attirant l’ire entre autres du maire démocrate de la ville texane d’Austin, Steve Adler, qui a qualifié ses propos de « dangereux » pour les habitants de sa ville, dont les services de réanimation risquent d’être débordés « d’ici dix jours ».

Morphologie Covid-19

Image obtenue le 3 février 2020 auprès des CDC et montrant la morphologie du nouveau coronavirus COVID-19 (Source : Centers for Disease Control and Prevention/AFP).

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Le coronavirus qui circule en Europe est plus infectieux in vitro

La variante du SARS-CoV-2 qui circule aujourd’hui en Europe et aux États-Unis est différente de la souche chinoise originale. Un changement d’acide aminé dans la séquence protéique de la protéine S lui permet d’infecter plus facilement les cellules in vitro. Cela améliore-t-il aussi sa transmission entre les humains ?

La variante du SARS-CoV-2, appelée D614G, qui domine aujourd’hui dans le monde, infecte plus facilement les cellules que celle apparue en Chine. Bien que cela reste à confirmer, une étude publiée dans Cell le 2 juin 2020 suggère que cela la rend probablement plus contagieuse.

« Nous ne savons pas encore si une personne s’en sort moins bien avec elle ou non », a commenté Anthony Fauci, directeur de l’Institut des maladies infectieuses américain, à la revue Jama. « Il semble que le virus se réplique mieux et puisse être plus transmissible, mais nous en sommes toujours au stade d’essayer de le confirmer. Mais il y a de très bons généticiens des virus qui travaillent là-dessus. »

Après sa sortie de Chine et son arrivée en Europe, une variante du nouveau coronavirus, qui mute en permanence comme tout virus, est devenue dominante. C’est cette version européenne qui s’est ensuite installée aux États-Unis. La variante D614G concerne une mutation d’une seule lettre de l’ADN du virus, sur la protéine S (spike) avec laquelle il pénètre les cellules humaines.

SARS-CoV-2

Un variant de la souche SARS-CoV-2, appelé G614D, domine la pandémie de Covid-19 en Europe et aux États-Unis (Source : Niaid).

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